Anno di fondazione 1994 in occasione delle celebrazioni per l’Ottocentenario della nascita aggiungendo la sterminata produzione di pubblicazioni ai volumi di medievistica già presenti e alla rivista editata dalla Fondazione stessa e denominata “Tabulae” che poi si è arricchita fino al numero 50 e arrestata nel 2016. Questo primo impianto è cresciuto negli anni con acquisizioni, acquisti e fondi ricevuti. Ha acquisito 3 fondi molto importanti: 2 da parte di docenti universitari e 1 da un privato. Ad oggi è una delle biblioteche più fornite riguardo la figura di Federico II, della sua casata ma anche del Medioevo con pubblicazioni anche al di fuori dei circuiti editoriali tradizionali. Data la poliedricità della figura di Federico II la Fondazione è collegata con realtà che operano all’estero e dispone quindi di una sezione in lingua tedesca e di volumi in lingua francese. Sono presenti oltre 5000 volumi.

La sede della Biblioteca Federico II Hohenstaufen è a Palazzo Bisaccioni, un palazzo storico eretto in epoca medievale dalla nobile famiglia Bisaccioni. Sorge su una parte di muro dell’antico teatro romano, nucleo di origine della urbs romana. Verso il 1527 venne riedificato ad opera di Giovanni di Gabriele da Como, ma di questa costruzione oggi conserva solo alcune finestre e il portale laterale, in pietra bianca, finemente inciso recante il nome di famiglia. Infatti, nel XVIII secolo venne fortemente ristrutturato e rimaneggiato nelle forme odierne. È ubicato nel cuore del centro storico. Si affaccia su una delle piazze più belle di Jesi, Piazza Colocci. Sede della Fondazione Cassa di Risparmio di Jesi e della Fondazione Federico II Hohenstaufen (proprietaria della biblioteca). Ha due sale studio con 10 posti lettura.